Situé dans un monde virtuel à l’intérieur d’un système informatique détourné par un groupe appelé XTAL, Zero Divide vous met face à de mystérieuses « unités » mercenaires, chacune avec un style de combat unique et la capacité de vous pulvériser en un instant. Vous devez « supprimer » les mercenaires, faire planter le système et éliminer XTAL avant la fin du temps imparti.