Contrairement à la plupart des jeux Final Fantasy, Dissidia est plus un jeu de combat qu’un jeu de rôle classique. Il conserve cependant l’histoire complexe, le niveau des personnages et la personnalisation. Le jeu présente des personnages principaux des autres titres Final Fantasy, deux de chaque titre (le protagoniste et l’antagoniste). L’intrigue tourne autour de la bataille des deux dieux Cosmos et Chaos.